Предводитель уфимского дворянства Валентин Новиков в 1868 - 1877 гг. писал, что в 1809 году, «ревнуя о пользе общественной и просвещении юношества дворянство пожертвовало десять тысяч рублей на постройку дома для гимназии в Уфе. Независимо от этого, на нужды гимназии пожертвовано помещиком Петром Тоузаковым 1000 рублей и собрано по подписке дворянами 1870 рублей ассигнациями и серебром 64 рубля, один прусский рейхсталер и один полуимпериал».
В 1820 году проект постройки гимназии в Уфе был представлен на рассмотрение в строительный комитет Министерства внутренних дел. 11 ноября 1828 года в «громадном трёхэтажном корпусе о 52 комнатах, построенном по линии Ильинской улицы» состоялось торжественное открытие Уфимской мужской гимназии. В первый учебный год принято 18 учеников.
Но в 1831 году в стенах дома появились трещины, а через два года здание стало вовсе разваливаться, из-за чего было признано опасным для занятий и разобрано. Так как причиной разрушения на прежнем месте были признаны расположенные близко от поверхности грунтовые воды, в глубине двора выстроили новый корпус.
В 1835 году гимназия была преобразована в семиклассное заведение, а в 1844-м при ней был открыт пансион для «облегчения образования детей дворян и чиновников». Вместе с тем было предписано отправлять лучших пансионеров в университет.
Занятия в новом здание гимназии начались ещё в 1844 году, но достроили его только через три года. А в 1852 году были возведены и два двухэтажных флигеля, в которых разместились квартиры директора, инспектора и воспитателей.
На верхнем этаже главного корпуса помещались классные комнаты, физическая лаборатория, актовый зал, церковь и комната для приёма родителей, а на первом этаже, кроме комнат для занятий, находились спальни, комната рекреационная (т.е. для отдыха), больница, столовая, гардеробная, библиотека и другие.
Гимназическая церковь «Святой Мученицы Софии и трех дщерей ея Веры, Надежды и Любви» благодаря заботе ктитора – потомственного почётного гражданина С.Л. Сахарова была обеспечена всем необходимым.
Главной целью гимназии ставилось дать необходимую сумму знаний для получения в дальнейшем высшего образования. Ученикам с небольшим достатком выдавались денежные пособия на приобретение одежды и учебных принадлежностей. В 1864/1865 учебном году гимназия стала классической, то есть в ней стали преподавать латинский язык, а с 1873 г. она стала 8-классным учебным заведением. Гимназисты изучали русский и церковно-славянский, латинский и греческий языки, математику, физику, историю, географию, французский или немецкий языки, чистописание, и, разумеется, закон Божий. Начиная с 1901 года ввели уроки природоведения, в гимназии был организован естественноисторический кабинет с коллекциями минералов, окаменелостей, бабочек и растений, чучел птиц.
В 1887 году в гимназии стали производиться наблюдения за погодой, их результаты печатались в «Уфимских губернских ведомостях», в связи с чем Уфимский статистический комитет закрыл за ненадобностью свою небольшую метеостанцию.
Мужская гимназия просуществовала до Октябрьской революции. Преемницей её стала Советская школа №2, позже – школа №11. С 1932 года в здании разместился Башкирский медицинский институт. В 1936 году над главным корпусом и флигелями надстроили третьи этажи, и с тех пор здание первой в Уфе гимназии практически не изменилось.